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婴儿的肠道长约为身长的６倍，而成年人的肠道长约为身长的４．５倍。有人认为婴儿吮食母乳经过肠道的时间约为１３小时，牛奶约为 １６小时，而成年人的食物经过肠道的时间约为１８～２０小时。
小肠是消化吸收的中心，食物的消化吸收大部分在这里进行。小肠除分泌消化酶（如乳糖酶、蔗糖酶、麦芽糖酶）外，还分泌胆汁、胰液等来帮助消化吸收。小儿出生时胰液中的脂肪酶、胰蛋白酶、胰淀粉酶的活性极低，出生后逐渐增加。胆汁的主要成分是胆汁酸、胆红素和胆固醇，它能参与脂肪的消化吸收。
小肠内不能吸收的食物残渣进入大肠，在大肠内只吸收水分。食物残渣被肠内细菌部分分解，产生腐败和发酵。新生儿刚出生时，肠道内没有细菌，但出生后大肠内细菌即开始繁殖。母乳喂养的婴儿，大肠中双尾菌多，约占９９％，大肠杆菌、肠球菌只占１％以下。而人工喂养的婴儿，大肠杆菌、肠球菌为母乳喂养的１０倍。双尾菌具有抵御肠内有害细菌的作用。
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